Die Heilpädagogischen Sonderklassen gehören zu den Sonderschulen und werden von der Gesundheits- und Fürsorgedirektion GEF finanziert. Die Stadt Bern als Trägerschaft ist für die Schulräume zuständig und unterstützt die Schulleitung bei den finanziellen Abläufen.

Die Heilpädagogischen Sonderklassen haben eine eigene Schulleitung. Die strategische Führung liegt ab August 2011 bei der Schulkommission der Heilpädagogischen Schule Bern.

Gegenwärtig werden zehn Klassen geführt, je fünf an den öffentlichen Schulen Tscharnergut und Wankdorf. Die Schülerinnen und Schüler der Heilpädagogischen Sonderklassen können die öffentlichen Tagesschulen ihrer Schulstandorte nutzen.

Die meisten jüngeren Schülerinnen und Schüler der Unterstufe werden per Taxi zur Schule gebracht. Ihren Möglichkeiten entsprechend erlernen sie dann mit Hilfe der Eltern und der Lehrpersonen den Schulweg mit den öffentlichen Verkehrsmitteln.

Die Ferien richten sich nach den Vorgaben der Stadt Bern.